Petras Baublys, legendinis vaikų gydytojas, gimė 1914 m. gegužės 23 d. Lydoje (dabar Baltarusija). Jis buvo šeštasis ir jaunausias sūnus gausioje Piotro ir Zinaidos Baublių šeimoje. Šeimos galva buvo žinomas pedagogas, 1905 m. su žymiu lietuvių kalbininku J. Jablonskiu surengęs pirmąjį slaptą mokytojų suvažiavimą Vilniuje. Motina – Zinaida Baublienė – buvo taip pat pedagogė. Ji dirbo darbų mokytoja Vilkijos vidurinėje mokykloje.
Vėliau Baublių šeima persikėlė į Kauną. Čia 1931 m. Petras baigė „Aušros“ berniukų gimnaziją, įstojo į Kauno Vytauto Didžiojo universiteto Medicinos fakultetą, kurį su su pagyrimu baigė 1936 m., paskui dirbo Raudonojo Kryžiaus tuberkuliozės sanatorijoje. Nuo 1937 m. P.Baublys užima Kauno universiteto Medicinos fakulteto Vaikų ligų katedros asistento pareigas.
1942–1944 m. P.Baublys dirbo Kauno kūdikių namų „Lopšelis“, buvusių netoli Kauno geto Slobodkoje (Vilijampolėje), direktoriumi.
Tuo laikotarpiu jis kartu su medicinos slaugėmis ir kitais bendradarbiais, rizikuodamas gyvybe, gelbėjo Kauno žydų geto vaikus.
1944-ųjų liepą hitlerininkai galutinai likvidavo Kauno getą – antrąjį pagal dydį Lietuvoje. Tomis dienomis iš Kauno į mirties stovyklas išvežta maždaug 7000 žydų, dar tūkstantis žuvo likvidavimo metu. Nacių okupacijos pabaigos sulaukė tik kas penkiasdešimtas iš daugiau nei 30 tūkstančių Kaune gyvenusių žydų.
Likus maždaug keturiems mėnesiams iki geto likvidavimo, 1944 m. kovo 27–28 dienomis buvo įvykdyta „vaikų akcija“. Jos metu buvo sunaikinta apie 1 300 vaikų iki dvylikos metų ir senelių – didžioji dauguma išvežti į Aušvicą ir ten sunaikinti, likusieji – sušaudyti IX forte.
Tačiau dalį vaikų vis dėlto pavyko paslėpti ir išgelbėti. Ir čia svarbų vaidmenį atliko P.Baublio vadovaujami kūdikių namai "Lopšelis".
Dar 1941 m. gruodžio pradžioje, kai SD operatyvinės grupės vadas SS štandarterfiureris Karlas Jaegeris parašė savo viršininkams Berlyne, kad žydų gete būtina pradėti darbininkų sterilizavimą, tapo aišku, kad mirtina grėsmė artėja. Kiek vėliau, 1942-ųjų vasarą, buvo paskelbtas įsakymas, draudžiantis gete moterims gimdyti. Kauno geto pogrindinės organizacijos nariai suprato, kad naciai tuo neapsiribos ir ėmė ieškoti menkiausių galimybių paslėpti bent vaikus.
Pasakojama, kad kelios žydės iš nevilties pasiryžo, galima sakyti, beprotiškam žingsniui - jos nusiplėšė nuo savo rūbų geltonas žvaigždes, prasiskverbė pro geto tvoros plyšį ir ėmė belstis į aplinkinius namus maldaudamos išgelbėti vaikus. Didžiuma žmonių atsisakydavo, o senelių namų direktorius kunigas Kapočius net mėgino kviesti gestapininkus. Moterims, mėginusioms išplėšti telefoną iš kunigo rankų, pavyko pabėgti. Tačiau ne visi buvo kurti ir akli žydų tragedijai, atsirado ir tokių, kurie sutiko padėti. Tokiu būdu buvo išgelbėti apie trys šimtai geto vaikų.
Kūdikių namų direktorius P. Baublys nuo 1942 m. palaikė ryšius su antifašistine geto organizacija, kuri per rašytoją Danutę Čiurlionytę-Zubovienę ir jos vyrą Vladą Zubovą bendravo su gydytoju. P.Baubliui sutikus priimti vaikus, pas jį atvykusios R.Golachienė ir R.Rozentalienė susitarė dėl vaikų perdavimo. Vaikai būdavo atnešami ir kaip pamestinukai paliekami prie kūdikių namų durų.
Tokiu būdu nuo 1942-ųjų vasario iki 1944-ųjų kovo rizikuojant gyvybėmis (P.Baublys rizikavo ne tik savo, bet ir dviejų sūnų, žmonos gyvybėmis), buvo gelbėjami žydų vaikai - net ir tuomet, kai gestapas atkreipė dėmesį į neprogresyviai didėjantį pamestinukų skaičių. Dėl pačių žydų vaikų saugumo bei siekiant nukreipti gestapo dėmesį, kiek ūgtelėję ir sustiprėję žydų vaikai buvo išsiunčiami pas ūkininkus, daugiausia į Suvalkiją.
Gelbėdamas žydų vaikus gydytojas P. Baublys nebuvo vienišas. Kūdikių namuose priglaustais vaikais rūpinosi visas kūdikių namų kolektyvas – vyr. seselė Elena Uborevičienė, seselės Pranciška Vitonytė, Jadvyga Liepinaitienė, Onutė Samuolytė-Liutkevičienė ir kt.
Mejeris Eglinis-Elinas ir Dmitrijus Gelpernas prisiminimų nygoje "Ir be ginklo kariai" (sudarytoja S.Binkienė, leidykla "Mintis", Vilnius, 1967 m.) apie P.Baublio darbą pasakoja taip: "Tamsa gaubia Vilijampolę. Jos priedangoje šį vakarą reikia išnešti iš geto trejų metų Tamarą Ratnelytę. Pogrindininkė Ida Šaterienė laukia, kol mergytė užmigs. Tuomet ją įdės į lagaminą, kurį laiko paruoštą mergaitės tėvas. Prie tvoros budi "landžiojimo pro tvorą specialistas" P.Šateris. O svarbiausia – gydytojas Baublys žino, kad šiąnakt bus "pamestinukas" ir pas jį taip pat budi ir laukia patikimi žmonės. Bet mergaitė taip ir neužmiega.
Kitą vakarą, medicinos seselė Š.Berelovičienė įšvirkščia mergaitei liuminalio. Gavęs vaistų vaikas pagaliau užmerkia akis ir ramiai alsuoja. Šį kartą pasprukti iš geto pavyksta. Ir štai išimta iš lagamino mieganti mergaitė jau guli prie “Lopšelio” durų.
Šaterienė paspaudžia skambučio mygtuką, o pati pasislepia. Praeina minutė, kita. Kiekviena minutė pasislėpusiai moteriškei atrodo tarsi amžinybė. Durys vis neatsidaro.
Staiga pasigirsta bildesys–atvažiuoja mašina, pilna uniformuotų gestapininkų. Sustos ar nesustos? Mašina praūžia pro šalį ir vėl sunki, slegianti tyla ir įtemptas laukimas. Pagaliau… Durys prasiveria ir moteris baltu chalatu pasiima vaiką…".
Iš viso buvo išgelbėta apie pora dešimčių žydų vaikų, kurie šiandien pasklidę po visą pasaulį, susilaukę vaikų ir anūkų, visada buvo, yra ir liks dėkingi žmogui, juos išplėšusiam iš mirties nagų. Likimo tragedija: gydytojas P.Baublys, išplėšęs iš Katastrofos gniaužtų ne vieno vaiko gyvybą, pats žuvo apmaudžioje lėktuvo katastrofoje, jau gerokai po karo.
1973 m. gruodžio 16 d. P.Baublys, kartu su profesore Liudmila Steponaitiene, gydytoja Ona Surpliene, docentu Raimondu Lučinsku, žuvo garsiojoje “gydytojų lėktuvo” katastrofoje prie Maskvos.
1977 m. Izraelyje Petrui Baubliui po mirties (taip pat jo broliui Sergijui Baubliui ir jo žmonai Jadvygai) buvo suteiktas Pasaulio tautų teisuolio medalis ir Yad Vashem teisuolių alėjoje jų garbei pasodinti du medeliai. Garbingus apdovanojimus atsiėmė ir medelius pasodino Petro ir Sergijaus Baublių brolis architektas ir bibliofilas Rostislavas (Rostis) Baublys (1909 - 1996), gyvenęs Didžiojoje Britanijoje.
P.Baublio vardu Izraelyje pavadinta gatvė. 1993 m. jis po mirties apdovanotas Žūvančiųjų gelbėjimo kryžiumi.
1994 m. Vilijampolėje prie Kūdikių namų “Lopšelis” (Kaunas, Lopšelio g. 10) atidengta memorialinė lenta, kurios įrašas byloja: "Čia, buvusiuose kūdikių namuose „Lopšelis“ 1942 –1944 m. žymus vaikų gydytojas Petras Baublys su bendradarbiais gelbėjo Kauno žydų geto vaikus".
1996 m. P. Baubliui suteiktas Lietuvos žydų bendruomenės garbės nario vardas. Jo vardu pavadinta gatvė Vilniuje, Santariškių medicinos miestelyje.
2014 m. gegužės 23 d. prie namo Vilniuje (Šilo g. 40), kuriame gyveno gydytojas Petras Baublys su šeima, atidengta atminimo lenta.